Son parte de las razas de perros pequeños.
El origen de la raza es poco claro. Los comerciantes fenicios trajeron de Egipto a los ancestros de esta raza probablemente hace más de 2000 años siendo difundida en el Mediterráneo.
En la tumba del faraón Ramsés II (1301-1225 a. C.) se han encontrado estatuillas de piedra que se parecían a los malteses actuales. Hay imágenes en vasos del período entre 500 a. C. que son muy similares a los malteses, al lado de la imagen del perro se lee la palabra Melitae. Desde la perspectiva actual, la relación no es evidente ya que eso podría haber sido después. L. Beckmann también ha trazado antepasados a los del Spitz enano.5
De nuevo, el nombre con el que la Federación Cinológica Internacional (FCI) lo describe en el estándar indica que no proviene de la Isla de Malta. Ya que el vocablo es una derivación de semítico de la palabra "màlat", lo que significa "refugio" o "puerto" y es la raíz de muchos topónimos. La FCI describe el origen de la palabra de la siguiente manera:
Su nombre no significa que es originario de la isla de Malta, porque el adjetivo «maltés» proviene del vocablo semítico «màlat» que quiere decir refugio o puerto; esta raíz semítica se encuentra en una variedad de nombres de lugares marítimos, tales como el nombre de la isla adriática Meleda en la ciudad siciliana de Melita, y también en la isla de Malta. Los ancestros de este pequeño perro vivían en los puertos y las ciudades costeras del Asia central, donde cazaban a los ratones y las ratas que se encontraban en los almacenes de los puertos y en las bodegas de los barcos donde se propagaban abundantemente. En la lista de perros existentes en el tiempo de Aristóteles (384-322 a.C.) se menciona una raza de pequeños perros a los que se atribuye el nombre latino «canes melitenses». Ese perro era conocido en la antigua Roma y era compañero preferido de las matronas, fue elogiado por Estrabón, poeta latino del siglo primero.
